A partir de 1998, ex alumnos, familias y docentes del colegio Stella Maris, junto a las Hermanas Franciscanas del Verbo Encarnado, comenzaron a trabajar en el asentamiento Villa del Chancho, donde las condiciones de pobreza extrema eran evidentes. Reconociendo la necesidad de mejorar la situación, se iniciaron gestiones para trasladar a las familias a un nuevo terreno. Después de diversas gestiones ante particulares e instituciones, se logró la donación de terrenos en el barrio Flor de Maroñas. 

Este traslado representaba un cambio significativo en las vidas de estas familias, por lo que se decidió abordar el proyecto de manera integral. 

Así, el 3 de octubre de 2009, nació el Centro Educativo Los Tréboles con el propósito de brindar atención a niños y adolescentes, promoviendo su desarrollo integral y abordando los factores que obstaculizan su crecimiento, así como el de sus familias. 

15 años después, el centro sigue comprometido con su objetivo original: proporcionar educación y herramientas necesarias para que cada niño que llegue a Los Tréboles pueda alcanzar su máximo potencial.